Tri hrabra istraživača sletjela su na planet PNF-404 u misiji da pronađu hranu za svoj izgladnjeli matični planet. Nakon slijetanja i pada, ovi istraživači moraju surađivati ​​s Pikminom kako bi se ponovno okupili i dovršili svoju misiju. 

Usmjerite, bacajte i uzgajajte Pikmin s različitim sposobnostima i snagama - krilati Pikmin može letjeti, dok plavi Pikmin može disati pod vodom. Strateškim odabirom pravog Pikmina za trenutni posao i promjenom između trojice kapetana (ili koordinacijom s drugim igračem) možete učinkovito raditi na sakupljanju voća i razvoju vašeg Pikmin tima.

Kada niste zauzeti sakupljanjem voća i spašavanjem planeta, isprobajte način rada Misija da biste ispunili postavljene zahtjeve poput poraza neprijatelja ili skupljanja predmeta. Rezultate u načinu rada Misija također možete usporediti s ostatkom svijeta putem mrežnih ploča s najboljim rezultatima. Tražite neko prijateljsko natjecanje? U Bingo bitci morate koristiti Pikmin za dohvaćanje predmeta na vašoj bingo kartici prije nego što to učini vaš protivnik.

Vratite se na svoj brod prije nego što vrijeme istekne, ili biste vi (i vaš Pikmin) mogli imati velikih problema. Ako više volite ležerniji pristup, nedavno su dodane razne postavke poteškoća, zaključavanje ciljanja i neobavezni savjeti. S manje pritiska, imate više vremena za strateško zapovijedanje Pikminom i uživanje u bujnom krajoliku.